Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam yang kemudian dikenal dengan Prodi Magister PAI merupakan salah satu program studi dari 5 program studi yang ada di Pascasarjana IAIN Madura; PAI, HKI, MPI, IQT dan ES. Penyelenggaraan Pascasarjana IAIN  Madura itu sendiri berdasarkan pada Peraturan Menteri Agama RI Nomor 48 tahun 2013 tentang Organisasi dan Tatakerja STAIN Pamekasan dan Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 2346/2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Magister di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri. Seiring dengan perubahan bentuk dari STAIN Pamekasan menjadi IAIN Madura, maka penyelenggaraannya diatur di dalam Peraturan Menteri Agama RI Nomor 34 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tatakerja Institut Agama Islam Negeri Madura.

Program studi tertua dalam lingkungan pascasarjana ini hadir dengan visi: “Menjadi program magister yang moderat, unggul dan integratif dalam mengkaji dan mengembangkan Ilmu Pendidikan Agama Islam.” Visi ini kemudian diterjemahkan dalam 3 Misi prodi PAI, yaitu: (1) Menyelenggarakan pendidikan berkualitas dalam bidang Ilmu Pendidikan Agama Islam dengan membangun tradisi akademik yang moderat, unggul dan integratif; (2) Menyelenggarakan penelitian dalam bidang Ilmu Pendidikan Agama Islam berbasis ilmu pengetahuan dan teknologi; (3) Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat yang berorientasi pada pendalaman dan pengembangan dalam bidang Ilmu Pendidikan Agama Islam

Lulusan Program Magister Pendidikan Agama Islam mendapat gelar Magister Pendidikan yang disingkat dengan M.Pd. Lulusan magister ini diharapkan menjiwai visi misi prodi agar tercapai tujuan yang dicita-citakan bersama: (1) Menghasilkan lulusan yang cerdas, religius, berakhlak mulia, mandiri, dan mampu berkembang secara profesional; (2) Menghasilkan lulusan yang kompeten sebagai master teacher PAI pada sekolah dan/atau madrasah; (3) Menghasilkan lulusan yang kompeten sebagai tenaga pengajar PAI pada program diploma dan sarjana; (4) Menghasilkan  lulusan  yang  kompeten  sebagai  pengembang  pendidikan agama Islam; (5) Menghasilkan lulusan yang kompeten sebagai peneliti dalam bidang ilmu pendidikan agama islam.

Untuk mencapai semua ini Prodi Magister PAI mempercayakan pembelajaran dan pengajarannya pada tenaga dosen yang kompeten dalam bidang Pendidikan Agama Islam, banyak diantaranya bergelar profesor, dibantu oleh tenaga pendidikan yang handal dengan kerja cerdas dan gerak cepat.

Program Studi Magister PAI sebagai bagian integral dari sistem pendidikan tinggi diharapkan mampu menjadi pemasok utama SDM skilled, yang memiliki kemahiran dan keterampilan penguasaan IPTEK serta mampu memberikan competitive advantage, memiliki daya saing yang handal dan tangguh dalam zaman globalisasi, sains dan teknologi. Sebagai instansi pemerintah, Program Studi Magister PAI Pascasarjana IAIN Madura diwajibkan untuk mempertanggungjawabkan pelaksanaan tugas pokok dan fungsinya serta kewenangan pengelolaan sumberdaya, pelaksanaan kebijakan, dan program dengan menyusun laporan akuntabilitas melalui proses penyusunan rencana strategis, rencana kinerja, dan pengukuran kinerja menuju Program Studi Magister PAI Pascasarjana yang unggul.